GENEAPP

O GeneAPP é uma aplicação web desenvolvida para auxiliar nas análises de splicing alternativo. Especialmente os softwares rMATS e 3DRNASEQ produzem como saída arquivos tabulares que precisam ser analisados por scripts customizados pelos bioinformatas no curso do experimento de splicing alternativo diferencial. Para auxiliar no processo de geração dos arquivos tabulares o GeneAPP contém o pipeline GeneAPPScript.sh escrito na linguagem SHELL que pode ser executado em ambiente LINUX. O pipeline foi testado no ambiente Colab, que é instancia UBUNTU padrão. De posse dos arquivos tabulares o usuário pode realizar a integração, exploração e visualização de dados no GeneAPPExplorer que é um aplicativo web que pode ser acessado em http://bioinfo.icb.ufmg.br/geneapp por exemplo. Os usuários que já possuem os arquivos tabulares podem importá-los para o GeneAPPExplorer utilizando o GeneAPPServer que é um servidor escrito em Python utilizando o framework Flask. Pelo GeneAPPExplorer o usuário pode visualizar dados de bancos de dados públicos como https://gene.mikeias.net/gene?id=836163 permitindo por exemplo identificar in sílico PTC causado por evento de RI na isoforma NM_125434.4 ao comparar com a NM_203240.3, assim esse modulo por si só já habilita ao usuário análise de splicing alternativo. Essa suíte como software pode ser instalada com comandos básicos em localhost ou lançada a partir de uma imagem docker pela imagem https://hub.docker.com/r/mikeiasfernandes93/geneapp publica. Com acesso ao código fonte o usuário pode compilar e executar cada um dos 3 módulos separadamente.